Regulation of gene expression at posttranscriptional levels.

Abstract

Regulation of gene expression in response to cellular and organismal needs is essential for sustaining organisms' survival and successful competition in the evolution of life forms. This regulation is executed at multiple levels starting with regulation of gene transcription, followed by regulation at multiple posttranscriptional levels. In this thesis, I focused on posttranscriptional mechanisms that contribute to gene expression regulation in the model organism Caenorhabditis elegans which enables powerful genetic and genomic techniques and allows the visualization of experimental genetic manipulations in toto, on the level of the complete organism during its life span. For this, we analysed the function of the orthologue of mammalian transcriptional corepressor NCOR, GEI-8. We used a functionally defective mutant gei-8(ok1671). I analysed the whole genome expression of homozygous gei- 8(ok1671) mutant and its link with observed mutant phenotype that includes defective gonad development and sterility and performed experiments leading to the proposition that disbalances in 21-U RNAs of piRNA class present in the most derepressed gene, the predicted mitochondrial sulfide:quinine reductase encoded by Y9C9A.16, are associated with the gonadal phenotype. In the second part of the thesis, I focused on...

Regulace genové exprese v odpovědi na potřeby buněk a organismů je zásadní pro přežití organismů a úspěšnou kompetici v evoluci forem života. Tato regulace je prováděna na mnohočetných úrovních počínaje genovou transkripcí, následovanou regulacemi na četných posttrankripčních úrovních. V této disertační práci jsem se zaměřila na posttrankripční mechanismy, které přispívají k regulaci genové exprese v modelovém organismu Caenorhabditis elegans, který umožňuje efektivní genetické a genomické přístupy a vizualizaci důsledků experimentálních manipulací in toto, na úrovni celého organismu v jeho kompletním životním cyklu. Pro dosažení tohoto cíle jsme analyzovali funkci proteinu GEI-8, ortologu transkripčního korepresoru NCOR. Použili jsme funkčně defektivní mutantu gei- 8(ok1671). Analyzovala jsem celogenomovou expresi homozygotní mutanty gei-8(ok1671) a její vztah k pozorovanému fenotypu zahrnujícímu defektivní vývoj gonády a sterilitu. Provedli jsme experimenty, které podporují regulační zapojení 21U-RNA třídy piRNA exprimovaných z de-reprimovaného genu Y9C9A.16, kodujícího předpovězenou mitochondrialní sulfide:quinine reduktázu, ve vývoji gonadálního fenotypu. V druhé části disertační práce jsem se soustředila na funkci RNA modifikujícího enzymu ALKB-8, orthologního k ALKBH8 obratlovců, který je...