Investigation of sugar modified pyrimidine nucleosides as potential inhibitors of Thymidine (TP) and Uridine (UP) phosphorylasis

Abstract

1 Abstrakt diplomové práce RŮŽIČKOVÁ M.; STUDIUM PYRIMIDINOVÝCH NUKLEOSIDŮ MODIFIKOVANÝCH NA CUKERNÉ ČÁSTI JAKO POTENCIÁLNÍCH INHIBITORŮ TYMIDIN (TP) A URIDIN (UP) FOSFORYLÁZY Klíčová slova: uridinfosforyláza, tymidinfosforyláza, nukleosid, inhibitor, protinádorová chemoterapie, substrátová specifita Práce se zabývá studiem nových potenciálních inhibitorů rekombinantní tymidinfosforylázy a uridinfosforylázy z bakterií E. coli a Salmonella typhimurium. Hlavním předmětem studia je určení kinetických parametrů přirozených substrátů (tymidinu a uridinu) pro rekombinantní TP a UP, určení role fosfátového aniontu v enzymatické reakci a a hledání nových inhibitorů TP a UP. Studium substrátové specifity a aktivity TP a UP za různých reakčních podmínek je důležité pro získání lepšího pohledu na jejich funkce a pro vytvoření nových struktur potenciálních inhibitorů. Stanovení Michaelisovy konstanty KM a limitní rychlosti Vmax bylo provedeno s využitím spektrofotometru Varian Cary-300 Bio. Pro grafické znázornění kinetických dat jsme využili Lineweaver-Burkův diagram. Dalším bodem mé práce bylo stanovení aktivity enzymů a jejich substrátové specifity pro některé pyrimidinové analogy pomocí HPLC analýzy reakčních směsí. Testované sloučeniny, 2'-O-metyluridin, 1-(ß-D-fruktofuranosyl)uracil, 2'- deoxy-2'-fluorouridin,...

1 Abstract of the thesis RŮŽIČKOVÁ M.; INVESTIGATION OF SUGAR MODIFIED PYRIMIDINE NUCLEOSIDES AS POTENTIAL INHIBITORS OF THYMIDINE (TP) AND URIDINE (UP) PHOSPHORYLASE Key words: uridine phosphorylase, thymidine phosphorylase, nucleoside, inhibitor, anticancer chemotherapy, substrate specifity The work deals with the investigation of novel potential inhibitors of recombinant thymidine and uridine phosphorylases from E. coli and Salmonella typhimurium. The main goals of this study are the determination of kinetic parameters for natural substrates (thymidine and uridine) for recombinant TP and UP, assessment of the role of phosphate anion in the enzymatic transformations and search for new inhibitors of TP and UP. Study of UP and TP substrate specifity and activity under the various reaction conditions is desired to obtain better view to their functions and to design novel structures of potencial inhibitors. The determination of the Michaelis constant KM and reaction rate Vmax was performed at the spectrophotometer Varian Cary-300 Bio. The representation of obtained kinetic data we used the Lineweawer-Burk plot. The next point of my work was the determination of the enzymatic activity and their substrate specifity for some pyrimidine analogues by HPLC analysis of reaction mixtures. Tested compounds...