Molekulární identifikace, typizace a adaptace Achromobacter spp. v průběhu chronické infekce

Abstract

Achromobacter spp. je nově se objevující patogen zejména chronických respiračních infekcí u pacientů s cystickou fibrózou. Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF poskytuje spolehlivou identifikaci pouze na úrovni rodu. Pro druhovou identifikaci zástupců se používá sekvence genu nrdA. Studiem klonality s využitím multilokusové sekvenční typizace lze zjistit, zda je pacient infikován stále stejným klonem, nebo zda postupem času dochází k reinfekci novým kmenem. Do naší studie byly zařazeny časosběrné izoláty Achromobacter spp. od pacientů s cystickou fibrózou. Pacienti byly rozděleni do tří skupin, podle časového intervalu mezi odběry. U první skupiny činil vnější interval mezi odběry cca 10 let, u druhé 7 až 12 měsíců a zbývající skupinu tvořily samostatné izoláty. V průběhu chronické infekce dochází k adaptaci Achromobacter spp. na exponující antibiotika i na hostitele. Izoláty odebrané v intervalu deseti let vykazovaly vyšší počet mutací než izoláty s intervalem odběrů do jednoho roku. V průběhu chronické infekce dochází ke ztrátě motility, což jsme prokázali fenotypově na úrovni motility, snížení počtu bičíků i změny v genech pro tvorbu bičíků. U některých izolátů bylo zaznamenáno zvýšení rezistence screeningovou diskovou difúzní metodou. Vzhledem ke stále častější izolaci Achromobacter spp. z...

Achromobacter spp. is an emerging pathogen, especially in chronic respiratory infections in patients with cystic fibrosis. MALDI-TOF mass spectrometry provides reliable identification only at the genus level. The nrdA gene sequence is used for species identification of representatives. Clonality studies using multilocus sequence typing can determine whether a patient is still infected with the same clone or whether reinfection with a new strain occurs over time. Time-collected isolates of Achromobacter spp. from patients with cystic fibrosis were included in our study. Patients were divided into three groups according to the time interval between collections. In the first group, the external interval between collections was approximately 10 years, in the second group 7 to 12 months, and the remaining group consisted of single isolates. In the course of chronic infection, Achromobacter spp. adapt to the exposed antibiotics and to the host. Isolates sampled at an interval of 10 years showed a higher number of mutations than isolates with a sampling interval of up to one year. During chronic infection, loss of motility occurs, which we demonstrated phenotypically at the level of motility, reduction in flagella number and changes in flagellar genes. Increased resistance was observed in some isolates by...