| dc.contributor.advisor | Barvík, Ivan | |
| dc.creator | Šimko, Pavol | |
| dc.date.accessioned | 2023-03-22T14:03:10Z | |
| dc.date.available | 2023-03-22T14:03:10Z | |
| dc.date.issued | 2023 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/179545 | |
| dc.description.abstract | Předkládaná práce se zabývá aplikací řízených molekulárně dynamických simulací na medicínsky zajímavé biomolekulární systémy. Nejprve byly otestovány metody určení profilu volné energie na modelovém systému (Ala)10. Potom jsme se zaměřili na určení profilu volné energie při vazbě ligandu do vazebného místa adenosinového A2A GPC receptoru. Dále jsme určovali profil volné energie spojený s tranzitem iontů přes modelový systém Gramicidinu A. A nakonec jsme tuto metodiku aplikovali na iontový kanál TRPM2. 1 | cs_CZ |
| dc.description.abstract | The present work deals with the application of steered molecular dynamics simulations on medically interesting biomolecular systems. At first, methods for determi- ning the free energy profile were tested on the (Ala)10 model system. Then we focused on determining the free energy profile for binding of a ligand to the adenosine A2A GPC receptor. We further studied the free energy profile associated with ion passage through the Gramicidin A ion channel. Finally, we applied this methodology to the TRPM2 ion channel. 1 | en_US |
| dc.language | Slovenčina | cs_CZ |
| dc.language.iso | sk_SK | |
| dc.publisher | Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta | cs_CZ |
| dc.subject | A2A adenosine receptor|TRP ion channels|Deca-alanine|Gramicidin A|Molecular dynamics simulations|Steered molecular dynamics | en_US |
| dc.subject | A2A adenosinový receptor|TRP iontové kanály|Deca-alanin|Gramicidin A|Molekulární dynamické simulace|Řízená molekulární dynamika | cs_CZ |
| dc.title | Počítačové modelovanie membránových proteínov | sk_SK |
| dc.type | diplomová práce | cs_CZ |
| dcterms.created | 2023 | |
| dcterms.dateAccepted | 2023-02-02 | |
| dc.description.department | Fyzikální ústav UK | cs_CZ |
| dc.description.department | Institute of Physics of Charles University | en_US |
| dc.description.faculty | Matematicko-fyzikální fakulta | cs_CZ |
| dc.description.faculty | Faculty of Mathematics and Physics | en_US |
| dc.identifier.repId | 234751 | |
| dc.title.translated | Computational Modeling of Membrane Proteins | en_US |
| dc.title.translated | Počítačové modelování membránových proteinů | cs_CZ |
| dc.contributor.referee | Pospíšil, Miroslav | |
| thesis.degree.name | Mgr. | |
| thesis.degree.level | navazující magisterské | cs_CZ |
| thesis.degree.discipline | Matematické a počítačové modelování ve fyzice | cs_CZ |
| thesis.degree.discipline | Mathematical and Computational Modelling in Physics | en_US |
| thesis.degree.program | Matematické a počítačové modelování ve fyzice | cs_CZ |
| thesis.degree.program | Mathematical and Computational Modelling in Physics | en_US |
| uk.thesis.type | diplomová práce | cs_CZ |
| uk.taxonomy.organization-cs | Matematicko-fyzikální fakulta::Fyzikální ústav UK | cs_CZ |
| uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Mathematics and Physics::Institute of Physics of Charles University | en_US |
| uk.faculty-name.cs | Matematicko-fyzikální fakulta | cs_CZ |
| uk.faculty-name.en | Faculty of Mathematics and Physics | en_US |
| uk.faculty-abbr.cs | MFF | cs_CZ |
| uk.degree-discipline.cs | Matematické a počítačové modelování ve fyzice | cs_CZ |
| uk.degree-discipline.en | Mathematical and Computational Modelling in Physics | en_US |
| uk.degree-program.cs | Matematické a počítačové modelování ve fyzice | cs_CZ |
| uk.degree-program.en | Mathematical and Computational Modelling in Physics | en_US |
| thesis.grade.cs | Výborně | cs_CZ |
| thesis.grade.en | Excellent | en_US |
| uk.abstract.cs | Předkládaná práce se zabývá aplikací řízených molekulárně dynamických simulací na medicínsky zajímavé biomolekulární systémy. Nejprve byly otestovány metody určení profilu volné energie na modelovém systému (Ala)10. Potom jsme se zaměřili na určení profilu volné energie při vazbě ligandu do vazebného místa adenosinového A2A GPC receptoru. Dále jsme určovali profil volné energie spojený s tranzitem iontů přes modelový systém Gramicidinu A. A nakonec jsme tuto metodiku aplikovali na iontový kanál TRPM2. 1 | cs_CZ |
| uk.abstract.en | The present work deals with the application of steered molecular dynamics simulations on medically interesting biomolecular systems. At first, methods for determi- ning the free energy profile were tested on the (Ala)10 model system. Then we focused on determining the free energy profile for binding of a ligand to the adenosine A2A GPC receptor. We further studied the free energy profile associated with ion passage through the Gramicidin A ion channel. Finally, we applied this methodology to the TRPM2 ion channel. 1 | en_US |
| uk.file-availability | V | |
| uk.grantor | Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Fyzikální ústav UK | cs_CZ |
| thesis.grade.code | 1 | |
| uk.publication-place | Praha | cs_CZ |
| uk.thesis.defenceStatus | O | |
