Analýza genomických variant u pacientů s neurovývojovými onemocněními se zaměřením na epilepsie

Abstract

Epilepsy is a chronic neurological disease affecting millions of people worlwide. The etiology of epilepsy is heterogenous. Published studies confirm a strong genetic basis. While the genetic causes play a huge role in the development of epilepsy, the etiology remains unclear in many patiens. We present a cohort of 400 patients with epilepsy, who underwent whole genome testing focused on the detection of copy number variants (CNVs). The main criterion for inclusion into the group was manifestation of epilepsy in isolated form or in combination with other neurodevelopmental disorder or congenital anomalies. Genome-wide analysis was performed using two different platforms of array CGH (array comparative genome hybridization): SurePrint G3 CGH ISCA platform 4x180K and 8x60K (Agilent Technologies). For evaluation of clinical impact of detected CNVs different databases (DGV, ClinVar, OMIM, DECIPHER) and relevant articles were used. In our cohort we have detected 2730 CNVs in total and 86 of them (detected in 76 individuals), were evaluated as possibly clinically relevant - 82 CNVs were evaluated as a possible cause of epilepsy and 4 of them were evaluated as secondary finding without relationship to the patients' phenotype. Regarding to the current classification, 21/86 CNVs have been refered as...

Epilepsie patří mezi chronická neurologická onemocnění postihující celosvětově miliony lidí. Ačkoli dosud publikované poznatky poukazují na fakt, že genetické příčiny hrají v rozvoji epilepsií významnou roli, zůstává u řady pacientů genetická podstata neobjasněna. Prezentujeme soubor 400 pacientů s epilepsií, u nichž bylo provedeno celogenomové vyšetření, zaměřené na detekci variant v počtu kopií (CNV). Kritériem pro zařazení do studie byl výskyt epilepsie v izolované formě, případně v kombinaci s dalšími neurovývojovými poruchami či vrozenými vývojovými vadami. Celogenomová analýza byla provedena metodou komparativní genomová hybridizace na čipech (aCGH) na platformě SurePrint G3 CGH ISCA v2 4x180K a 8x60K (Agilent Technologies). Ke zhodnocení klinické signifikance CNV byly použity dostupné databáze (DGV, ClinVar, OMIM, DECIPHER) a relevantní publikace. V naší kohortě jsme detekovali celkem 2730 CNV z nichž 86 (detekovaných u 76 jedinců) bylo vyhodnoceno jako klinicky potenciálně relevantních - z toho 82 CNV s možným vlivem na rozvoj epilepsie a 4 CNV byly hodnoceny jako sekundární nález, který nevysvětloval fenotyp pacienta. S využitím současného klasifikačního systému bylo 21/86 uzavřeno jako patogenní, 12/86 jako pravděpodobně patogenní, 39/86 jako varianta nejasného klinického významu a 10/86...