Separace molekulárních sond pomocí kapilární elektroforézy

Abstract

Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové, Charles University Candidate: Maxim Hof Supervisor: doc. PharmDr. Radim Kučera, Ph.D. Consultant: Mgr. Ondřej Horáček Title of Thesis: Separation of molecular probes by capillary electrophoresis Oligonucleotides are organic molecules which find their application in fields such as biotechnology, molecular biology, diagnosis and therapy. For the use of oligonucleotides (ON's) as molecular probes, it is necessary to covalently modify the ON's for example with a fluorescent dye and a quenching moiety. The products of this labelling reactions are the required double labelled ON probe, but also side products like the unlabeled ON and the ON's labeled either with the fluorescent dye or the quencher. Consequently, the products of this reaction must be separated, which represents the focus of this diploma thesis. The separation of these double labeled ON probes has been so far only performed by chromatographic approaches. The aim of this thesis is to explore the use of capillary electrophoresis for that separation. Specifically, the use of capillary electrophoresis was investigated for the separation of a) single-labeled ON probe with BHQ quencher from a double-labeled ON probe with a BHQ quencher and...

Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Univerzita Karlova Kandidát: Maxim Hof Školitel: doc. PharmDr. Radim Kučera, Ph.D. Konzultant: Mgr. Ondřej Horáček Název práce: Separace molekulárních sond pomocí kapilární elektroforézy Oligonukleotidy jsou organické molekuly, které nacházejí uplatnění v oblastech jako je biotechnologie, molekulární biologie, diagnostika a terapie. Pro použití oligonukleotidů jako molekulárních sond je nutné oligonukleotidy kovalentně modifikovat např. fluorescenčním barvivem a zhášečem. Produkty těchto značících reakcí jsou dvojitě značená oligonukleotidová sonda, ale také vedlejší produkty, jako je neznačený oligonukleotid a oligonukleotidy značené buď fluorescenčním barvivem nebo zhášečem. Produkty této reakce je nutné separovat, což je těžištěm této diplomové práce. Separace takto dvojitě značených oligonukleotidových sond byla dosud prováděna pouze v chromatografických podmínkách. Cílem této práce je prozkoumat využití kapilární elektroforézy pro tuto separaci. Konkrétně bylo zkoumáno použití kapilární elektroforézy pro separaci oligonukleotidových sond jednoduše značených BHQ zhášečem od dvojitě značených BHQ zhášečem s fluorescenčním barvivem 6-FAM (BHQ-FAM) a jednoduše značených oligonukleotidových sond...