Vliv GP46 na funkci HU proteinu bakterie Francisella tularensis

Abstract

Charles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Science Candidate: Bc. Eliška Sokolová Supervisor: prof. Ing. Barbora Szotáková, Ph.D. Supervisor - consultant: RNDr. Petra Špidlová, Ph.D. Title of diploma thesis: The effect of Gp46 on function of HU protein of Francisella tularensis Francisella tularensis is a highly virulent bacteria and the DNA binding HU protein is one of its important virulence factors. Recently, it was reported that the Gp46 protein inhibits the function of the Bacillus subtilis HU protein (Zhang et al., 2022). The main goal of the presented diploma thesis was to find out if the Gp46 protein of the B. subtilis bacteriophage SPO1 also works as an inhibitor of the F. tularensis HU protein. Given the high conservation of HU proteins, Gp46 might function as a universal inhibitor of all HU proteins. At the Department of Molecular Pathology and Biology (Military Faculty of Medicine, University of Defense) neither bacteriophage SPO1 nor its DNA were available, thus, it was initially necessary to acquire the gp46 gene, which encodes the Gp46 protein, using the overlap PCR method. Subsequently, the Gp46 protein was purified from the E. coli expression system using affinity chromatography. In both in vivo and in vitro conditions, we studied...

Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Eliška Sokolová Školitel: prof. Ing. Barbora Szotáková, Ph.D. Školitel - konzultant: RNDr. Petra Špidlová, Ph.D. Název diplomové práce: Vliv Gp46 na funkci HU proteinu bakterie Francisella tularensis Francisella tularensis je vysoce virulentní bakterie a DNA vazebný HU protein představuje jeden z jejích významných faktorů virulence. Nedávno bylo publikováno, že protein Gp46 inhibuje funkci HU proteinu bakterie Bacillus subtilis (Zhang et al., 2022). Hlavním cílem předkládané diplomové práce bylo zjistit, zda protein Gp46 bakteriofága SPO1 B. subtilis funguje i jako inhibitor HU proteinu F. tularensis. Jelikož jsou HU proteiny vysoce konzervované, mohl by Gp46 fungovat jako univerzální inhibitor všech HU proteinů. Na pracovišti (Katedra molekulární patologie a biologie, VLF Univerzita obrany) bakteriofág SPO1, ani jeho DNA, nebyl k dispozici, proto bylo nejprve nutné metodou overlap PCR získat gen gp46 kódující protein Gp46. Následně byl protein Gp46 pomocí afinitní chromatografie purifikován z expresního sytému E. coli. V podmínkách in vivo i in vitro jsme studovali, zda a jak protein Gp46 ovlivňuje životaschopnost a virulenci F. tularensis. Pomocí EMSA metody jsme prokázali, že DNA vazebná aktivita HU...