Izolace a proteomová analýza frakce obohacené o periplazmatické proteiny bakterie Francisella tularensis

Abstract

Autor: Bc. Jana Kolářová Vedoucí práce: Mgr. Klára Konečná Vedoucí práce - specialista: PharmDr. Ivona Pávková, Ph.D Název: Izolace a proteomová analýza frakce obohacené o periplazmatické proteiny bakterie Francisella tularensis Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: Odborný pracovník v laboratorních metodách Cílem předkládané diplomové práce bylo otestování několika v literatuře uváděných postupů pro získání frakce obohacené o periplazmatické proteiny z bakterie Francisella tularensis. Vybraná metoda pak bude v následujících studiích využita ke hledání potenciálních substrátů hypotetického lipoproteinu s homologií k DsbA proteinu, z nichž některé pravděpodobně hrají klíčovou roli ve virulenci F. tularensis. DsbA proteiny se nacházejí v periplazmě gramnegativních bakterií, kde zaváděním disulfidických můstků zodpovídají za správnou konformaci a tím i funkčnost celé řady extracelulárních proteinů včetně známých faktorů virulence. Mezi testované postupy patřily metoda studeného osmotického šoku, postupy s použitím chloroformu, polymyxin B sulfátu, EDTA s lysozymem a chloridu hořečnatého s lysozymem. Proteiny vzorků připravených jednotlivými postupy byly separovány pomocí dvourozměrné elektroforézy a...

Candidate: Bc. Jana Kolářová Supervisor: Mgr. Klára Konečná Supervisor - specialist: PharmDr. Ivona Pávková, Ph.D Title: Isolation and proteome analysis of fractions enriched in periplasmic proteins of bacterium Francisella tularensis Diploma thesis Charles University in Prague, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové, Department of Biological and Medical Sciences Study field: Special worker in laboratory methods The aim of the presented diploma thesis was to test several previously published methods for preparation of fractions enriched in periplasmic proteins of bacterium Francisella tularensis. The selected method will be further used in studies aimed at finding potential substrates of hypothetical protein with homology to DsbA as several of them are expected to play a crucial role in Francisella tularensis virulence. DsbA proteins found in periplasm of gramnegative bacteria are in general responsible for disulfide bond introduction and thus for right folding and function of number of extracytosolic proteins, known virulence factors included. Tested methods included the method of cold osmotic shock, the method using chlorofom, polymyxin B sulphate, EDTA in combination with lysozyme and magnesium chloride in combination with lysozyme. The obtained protein samples were separated using...