SNP polymorfismus na Y chromozomu u populace afrických Fulbů

Abstract

Markery nerekombinujúcej časti chromozómu Y predstavujú vhodný nástroj na štúdium diverzity jednotlivých populácií. Najbežnejšími polymorfizmami ľudského genómu sú SNPs. Mutačná rýchlosť SNPs je pomerne malá a preto majú svoje využitie ako genetické markery v evolučných a populačných štúdiách. V rámci tejto práce sme analyzovali 205 nepríbuzných mužských vzoriek DNA z 11 subsaharských fulbských subpopulácií z 5 štátov Afrického Sahelu. Fulbovia sú etnickou skupinou, ktorá je rozšírená vo viacerých štátoch, hlavne západnej Afriky. Naše vzorky pochádzajú z oblasti Tindangou, Banfora (Burkina Faso), Bongor, Linia (Čad), Diafarabé (Mali), Tcheboua (Kamerun), Balatungur, Diffa, Zinder, Ader a Abalak (Niger). Vyžitím kitu Signet Y-SNP Identification Systems a prístroja Luminex s LabMAP Luminex technológiou sme detegovali jednotlivé SNPs chromozómu Y. LabMAP Luminexová technológia je univerzálna čipová platforma, ktorá ako sondy využíva fluorescenčne značené polystyrénové mikrosféry. Zaznamenali sme výskyt 12 rôznych haploskupín. Do typický africkej haploskupiny E, ktorá je definovaná prítomnosťou odvodenej alely v polymorfizme M96 patrí 89,3% jedincov. U 7,8% z celkového počtu jedincov sme detegovali haploskupinu R, ktorá je charakteristická pre eurázijskú populáciu. Na vytváraní genofondu populácie...

Markers on the non-recombining region of chromosome Y is a useful tool for study of diversity between populations. SNPs are the most commom polymorphisms in human genome. Mutation rate of SNPs is very low and so they may be used as genetic markers in evolutionary and population studies. We have analyzed 205 unrelated men from 11 Sub-Saharan Fulani's subpopulations. Fulani are an ethnic group of people spread over many countries, mainly in West Africa. Our samples are from Tindangou area, Banfora area (Burkina Faso), Bongor area, Linia area (Chad), Diafarabé area (Mali), Tcheboua area (Cameroon), Banfora area, Diffa area, Zinder area, Ader area and Abalak area (Niger). Using kit Signet Y-SNP Identification Systems and Luminex instrument with LabMAP Luminex Technology we detected particular Y chromosome's SNPs. LabMAP Luminex Technology is universal array platform, which as a probe using fluorescent polystyrene microspheres. We have observed 12 different haplogroups. Haplogroup E, which is typical African haplogroups, is determined with derivated allele in polymorfism M96. We have detected haplogroup E in maximum of 89,3% in the Fulani's subpopulations. In 7,8% we have detected haplogroup R, which is characteristic of populations in the Euroasia. Gene pool of Fulani's population is influenced with a...