Odlišení primárně mediastinálního a difuzního velkobuněčného B-lymfomu s využitím metody real-time kvantitativní polymerázové řetězové reakce

Abstract

SOUHRN Difuzní velkobuněčný lymfom (DLBCL) je nejčastější typ non-Hodgkinského lymfomu. Je to molekulárně i prognosticky heterogenní onemocnění, jehož tři hlavní geneticky definované podtypy (germinal center-like/GC-like, non-germinal center- like/nonGC-like a primárně mediastinální B-lymfom/PMBL) není v současné době možné spolehlivě odlišit jinak než pomocí genových čipů. Metoda genových čipů vyžaduje dostupnost čerstvě zmražené vyšetřované tkáně a její technická a ekonomická náročnost ji činí v rutinní praxi nevyužitelnou. Vzhledem k prognostické odlišnosti je však informace o podtypu DLBCL důležitá. Jednak ze strany pacienta, který má právo vědět, jak závažné je jeho onemocnění, jednak z hlediska klinických studií, u kterých může mít náhodné zařazování pacientů bez znalosti podtypu tumoru vliv na výsledky studie. Předkládaná práce se zabývá zjednodušením diagnostiky podtypu primárně mediastinálního B-buněčného lymfomu (PMBL) v rámci skupiny DLBCL. Využívá běžně dostupné a na skladování nenáročné vzorky tkání zalitých v parafínových blocích (tzv. FFPE tkáň) a dále analýzu genové exprese pomocí všeobecně rozšířené metody real-time kvantitativní PCR (RTqPCR). Jako výchozí metoda pro odlišení PMBL/DLBCL pacientů je v práci použita klinicko-patologická diagnóza, která je v současnosti uznávána jako...

Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is the most common type of non-Hodgkin lymphoma. It is a molecular and prognostic heterogeneous disease. Three main genetic subtypes are called germinal center-like DLBCL (GC-like DLBCL), non-germinal center-like DLBCL (nonGC-like DLBCL) and primary mediastinal B-cell lymphoma (PMBL). These subtypes can be reliably distinguished only with usage of gene expression profiling (GEP). The GEP method can be applied only when fresh frozen tissue is available. The method is technically difficult and expensive. Thus, it is not used routinely. Since the DLBCL subtypes differ in prognosis, it is extremely important to be able to distinguish them. The presented thesis is focused on distinguishing of PMBL diagnosis in the group of DLBCL. Easily stored formalin-fixed, paraffin-embedded tissue (FFPE) and gene expression analysis using real-time quantitative polymerase chain reaction (RTqPCR) are used. In the first step, PMBL and DLBCL cases were distinguished with an internationally accepted clinical-pathological method. The agreement between clinical-pathological diagnosis and GEP is only 76%. In the presented text a genetic algorithm for PMBL/DLBCL distinguishing is suggested. It uses three carefully chosen genes and their expression is measured with RTqPCR. Both, the...