Metabolomic analysis of plasma samples using ultra performance liquid chromatography and high resolution mass spectrometry

Abstract

Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra analytické chemie Kandidát: Karolína Machová Konzultant: Prof. RNDr. Petr Solich, CSc. Název diplomové práce: Využití ultraúčinné kapalinové chromatografie ve spojení s hmotností spektrometrií v metabolomické analýze plasmy Metabolomika je nová věda popisující komplexní metody pro určování a měření metabolitů v biologických vzorcích především tělních tekutinách jako je plasma, moč, sérum, sliny, cerebrospinální tekutina, sperma. Popisuje děje probíhající v buňkách a nachází široké uplatnění v diagnostice onemocnění, určování biomarkerů, patofyziologii nemocí a klinické praxi. Hladiny metabolitů jsou v nízkých koncentračních rozmezích, a proto je kladen důraz na vysokou citlivost metody. Důležitá je reprodukovatelnost analytické metody a také příprava vzorku. Metabolomická analýza využívá pro stanovení metabolitů především vysokoúčinnou kapalinovou chromatografii v kombinaci s hmotnostním detektorem. Další běžné analytické metody jsou nukleární magnetické rezonance a plynová chromatografie. Následující projekt je zaměřen na standardizaci metody identifikace nalezených metabolitů pomocí ultra-účinné kapalinové chromatografie v kombinaci s hmotnostním spektrometrem s využitím počítačového vyhodnocení pomocí databáze známých látek.

Charles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Analytical Chemistry Candidate: Karolína Machová Consultant: Prof. RNDr. Petr Solich, CSc. Diploma Thesis Title: Metabolomic analysis of plasma samples using ultra performance liquid chromatography and high resolution mass spectrometry Metabolomics is a novel type of science which represents a complex methods of metabolite determination in biofluid e.g. plasma, urine, saliva, cerebrospinal fluid and sperm. The method describes cell mechanisms and finds wide assertion in disease diagnostics, biomarkers description, disease, pathophysiology and in clinical practice. It is vital to have a sensitive method because levels of metabolites are quite low. Metabolomic analysis uses mainly high-performance liquid chromatography combined with mass spectrometry for detection. However, other methods such as nuclear magnetic resonance spectroscopy and gas chromatography can also be used. Presented work is mainly focused on method standardization for identifying metabolites in clinical practice with the use of ultra-performance liquid chromatography and mass spectrometry. The primary outcome was to establish searching parameters for the operating software to automatically identify xenobiotics in provided sample and compare them with...