Struktury ovlivňující teplotu tání duplexů DNA

Abstract

Tato práce je rešerší zabývající se látkami vázajícími se v malém žlábku DNA. Minor groove binders (MGBs) jsou látky se schopností specifické vazby na konkrétní sekvence DNA. S DNA tvoří stabilní komplex, míru stability tohoto komplexu lze posoudit ze změny teploty tání komplexu ligand/DNA oproti volné DNA. Je popsána struktura DNA ve vztahu k její funkci a jejímu významu. Zmíněny jsou základní vlastnosti MGBs a způsob jejich vazby v malém žlábku tj. pravidla používaná těmito látkami pro "čtení" sekvencí DNA. Je uveden přehled typů chemických struktur především přírodního původu v literatuře popsaných jako MGBs. Popsány jsou nejčastěji se vyskytující sloučeniny, zejména ty s klinickým významem. Mezi zajímavé sloučeniny s antibakteriální aktivitou patří sloučenina MGB-BP3 účinná proti nejčastějším původcům nosokomiálních infekcí. Přínosný je další vývoj analog CC-1065 jako protinádorových léčiv, trabectedin byl již pro použití u onkologických pacientů schválen, brostallicin a irofulven procházejí klinickým hodnocením. Za povšimnutí stojí rovněž vývoj furamidinových proléčiv s antiprotozoální aktivitou. Klíčová slova: DNA, teplota tání, MGBs

This work is research dealing with binding agents in the minor groove of DNA. Minor groove binders (MGBs) are agents with the ability to specifically bind to specific DNA sequences. Together with DNA they form a stable complex. The degree of stability of this complex can be assessed from the change in the melting temperature of ligand/DNA complexes compared with free DNA. The structure of DNA is described in relation to its function and its importance. The basic properties of MGBs are mentioned and how they bond in the minor groove, i.e. the rules used by these agents for "reading" a DNA sequence. An overview is provided of the types of chemical structures, in particular the natural origin described in literature as MGBs. They are most commonly described with the occurring compounds, mainly those with clinical significance. The MGB-BP3 compound is among the most interesting compounds with antibacterial activity, which is effective against the most common pathogens of nosocomial infections. Further development of the CC-1065 analogues is also beneficial as anticancer drugs. Trabectedin has already been approved for use in cancer patients, and brostallicin and irofulven are undergoing clinical evaluation. It is also worth mentioning the development of furamidine prodrugs with anti-protozoal activity....