Úloha lidských papilomavirů v etiopatogenezi zhoubných nádorů sinonazální krajiny

Abstract

Cílem této diplomové práce je komparace imunohistochemických a molekulárně biologických metod pro detekci lidských papilomavirů (HPV) v nádorové tkáni s jejich následným využitím při studiu HPV v etiopatogenezi zhoubných nádorů sinonasální krajiny. Z množství metod používaných k detekci lidských papilomavirů byla vybrána in situ hybridizace, imunohistochemická detekce exprese proteinu p16INK4a , klasická polymerázová řetězová reakce v kombinaci se dvěma detekčními metodami a to enzymoimunoanalýzou a reverzní hybridizací, dále pak polymerázová řetězová reakce v reálném čase a reverzní transkripce. V porovnání všech metod užitých k detekci HPV byla zjištěna velice dobrá shoda, kde všechny prováděné metody vykazovali vzájemnou korelaci p˂0,0001 (p16, DNA in situ hybridizace, RNA in situ hybridizace, kvantitativní polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí (RT- qPCR) mRNA) až na metodu detekce p16 vs. DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR), jejichž korelační koeficient dosáhl p=0,004 v celém souboru, respektive p=0,002 v souboru dlaždicobuněčného karcinomu. Lze tedy k detekci HPV s výhodou využít detekci p16 imunohistochemicky v kombinaci s detekcí mRNA pomocí RT-qPCR, jež poskytne informaci jak o vlivu HPV na buněčný cyklus, tak i o jeho transkripční aktivitě a typu. Výše zmíněnými metodami...

The aim of this thesis is the comparison of immunohistochemical and molecular biological methods for the detection of human papillomavirus (HPV) in tumour tissue and their subsequent use in the study of HPV role in the etiopathogenesis of malignant tumors of sinonasal region. Several methods for the purpose of HPV detection were applied: in situ hybridization, immunohistochemical detection of expression of p16INK4a protein, classic polymerase chain reaction combined with two different enzyme immunoassay detection methods, and reverse hybridization, followed by polymerase chain reaction with real time reverse transcription. All methods (p16 DNA in situ hybridization, RNA in situ hybridization, quantitative polymerase chain reaction with reverse transcription - RT-qPCR mRNA) used for the detection of HPV performed very well when compared, showing concordance with statistical significance p ˂ 0,0001. Detection of p16 vs. DNA polymerase chain reaction (PCR) had correlation coefficient p = 0.004 in the whole group, and p = 0.002 in the subgroup of squamous cell carcinoma (SCC). Correlation coefficient between detection of p16 and overall HPV status was 0,659 for entire set and 0,864 for set of SCC, indicating significant linear dependence. Immunohistochemical detection of p16 in combination with the...