Využití deep-sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity.

Abstract

Jana Zelníková Využití deep sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce bylo zjistit za použití modelu SIV infekce u makaků, tedy jediném současném modelu HIV infekce u lidí, jak se liší dvě skupiny makaků rhesus infikovaných virem SIV239, nebo SHIV clade C s odlišnou virovou náloží, v expresi haplotypů MHC molekul I. třídy pomocí nové metody pyrosekvenování. Metody: Pomocí reverzní transkriptázy jsme vzorky RNA z leukocytů makaků převedli na cDNA a provedli jsme PCR pro úsek 190 bp MHC I. třídy s fúzními primery s identifikátory MID pomocí FastStart High Fidelity Taq DNA polymerázy. Dále jsme postupovali dle protokolu od GS Junior System a vzorky jsme pyrosekvenovali na přístroji GS Junior System (Roche). Získaná data jsme analyzovali sadou skriptů v jazyce Python použitím řady filtračních kroků a pomocí softwaru DNA Star LaserGene 11. Alely jsme identifikovali pomocí programu ncbi-blast+ 2.2.25. Výsledky: Nalezli jsme 98 známých a 11 nových alel MHC I. třídy. Analýzou jsme nalezli alely, u kterých předpokládáme rychlý, nebo pomalý průběh onemocnění SIV. Alely s pomalým průběhem onemocnění: Mamu - A1*004, A1*007, A1*019,...

Jana Zelníková Analysis of association of MHC and KIR variants with the course of lentivirus induced disease by next-generation sequencing Thesis Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Background: The aim of this work was to use the SIV infection in macaques (the only available model of human HIV infection) to show potential differences in MHC I haplotypes in macaques experimentally infected with SIVmac239 (or SHIV clade C) and their correlation with low or high viral loads, using pyrosequencing. Methods: The RNA samples from leukocytes from experimental macaques were reversely transcribed into cDNA and subjected to PCR of the 190 bp fragment of MHC I using fusion primers containing MIDs and FastStart High Fidelity Taq DNA polymerase. Subsequently the PCR generated samples were subjected to pyrosequencing using GS Junior System (Roche) according to the manufacturer`s protocol. The generated data were analyzed by a series of data filtration steps using scripts in Python and subsequently by DNAStar Lasergene 11. Final alleles were identified by ncbi-blast+ 2.25. Results: A total of 98 known aleles and 11 new aleles of MHC class I were found. The analysis identified those aleles, which correlate with fast or slow disease course. The aleles associated with slow...