Identifikace bakterií z pozitivních hemokultur pomocí metody hmotnostní spektrometrie

Abstract

UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Kandidát: Bc. Aneta Jahnová Školitel: MUDr. Pavla Paterová, Ústav klinické mikrobiologie FN Hradec Králové Konzultant: primářka MUDr. Alena Ševčíková, Oddělení klinické mikrobiologie FN Brno Název diplomové práce: Identifikace bakterií z pozitivních hemokultur pomocí hmotnostní spektrometrie. Cíl: Při zpracovávání pozitivních hemokultur na Oddělení klinické mikrobiologie FN Brno se metoda MALDI-TOF MS používá pro rychlou a spolehlivou identifikaci bakterií z narostlých čistých kultur již po 5 až 6 hodinové kultivaci na krevním agaru. Cílem této práce bylo zhodnotit a srovnat metody přímé identifikace etiologického agens z pozitivních hemokultur pomocí kitu SepsiTyperTM a zkumavek s gelem, které by měly snížit čas potřebný pro získání výsledku. Metoda: V této práci bylo testováno 50 pozitivních BacT/ALERT hemokultivačních lahviček. Příprava mikrobiálních vzorků probíhala paralelně za použití kitu SepsiTyperTM a odběrových zkumavek s gelem. U obou metod byla provedena extrakce ethanolem/kyselinou mravenčí a analýza na přístroji Microflex LT. Výsledky: Z padesáti testovaných hemokultur kitem SepsiTyperTM bylo správně identifikováno 24 vzorků (48 %) na druhové úrovni a 7 vzorků (14 %) na úrovni rodu....

CHARLES UNIVERSITY IN PRAGUE Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biological and medical Sciences Candidate: Bc. Aneta Jahnová Supervisor: MUDr. Pavla Paterová, Dept. of Clinical Microbiology FN Hradec Králové Consultant: primářka MUDr. Alena Ševčíková, Dept. of Clinical Microbiology FN Brno Title of diploma thesis: Identification of bacteria from positive blood cultures by mass spectrometry. Background: During processing positive blood culture at the Department of Clinical Microbiology, University Hospital Brno MALDI-TOF MS is used to for rapid and reliable identification cultured bacteria growing pure culture after five to six hours on solid culture media. The aim of this study was evaluated and compared methods for direct identification of the etiological agents from positive blood cultures using a kit SepsiTyperTM and test tubes with gel, which should decrease the time to obtain the result. Methods: In this study were tested 50 positive BacT/ALERT blood cultures. Preparation of microbial samples was carried out parallel using a kit SepsiTyperTM and collection test tubes with gel. In both methods was performed extraction with ethanol/formic acid and analyses on a Microflex LT system. Results: From fifty testing blood cultures were correctly identified by kit SepsiTyper 24 samples...