Identification of potential intraamniotic infection and inflammation biomarkers in amniotic fluid from preterm birth patients

Abstract

6 Souhrn V předkládané disertační práci jsme využili moderní proteomické technologie k charakterizaci rozdílů způsobených přítomností intraamniální infekce a zánětu v plodové vodě pacientek s předčasným porodem a k nalezení potenciálních biomarkerů tohoto patologického stavu. Vzhledem k velmi vysoké komplexitě a širokému dynamickému rozsahu proteomu plodové vody jsme nejdříve vyvinuli techniku CysTRAQ, která umožňuje snížení komplexity proteomu a současnou relativní kvantifikaci proteinů napříč čtyřmi vzorky. Tato metoda byla následně aplikována při komparativní proteomické analýze plodových vod. V naší studii byly zahrnuty oba hlavní fenotypy spontánního předčasného porodu - spontánní předčasný porod s intaktními membránami a předčasný odtok plodové vody. Zahrnutí obou fenotypů nám umožnilo získat zajímavý pohled na změny v plodové vodě pacientek s předčasným porodem způsobené infekcí a zánětem. S využitím metody CysTRAQ v kombinaci s dalšími frakcionačními a separačními technikami se nám podařilo popsat vysoký počet proteinů plodové vody. Díky kvantifikační složce metody CysTRAQ jsme popsali kvantitativní rozdíly mezi vzorky, u nichž byla potvrzena přítomnost infekce a zánětu a těmi, u nichž byl nález negativní. Naše výsledky ukázaly, že změny v kohortě pacientek s předčasným odtokem plodové vody byly...

5 Summary In this work, we took advantage of modern proteomics in order to characterize intraamniotic infection and inflammation related changes in the proteome of amniotic fluid from preterm birth patients. Proteins with altered levels could subsequently serve as potential biomarkers for timely recognition of intraamniotic infection and inflammation. Due to the extremely high complexity and high dynamic range of amniotic fluid proteome, we first developed a technique - CysTRAQ - which enables proteome complexity reduction based on cysteinyl peptide capturing and features a multiplexed protein quantitation across four samples. The developed method was subsequently applied into the comparative proteomic analyses of amniotic fluid. Our study included patients with both principal phenotypes of spontaneous preterm birth - spontaneous preterm labour with intact membranes as well as preterm premature rupture of membranes - in order to provide a comprehensive insight into the proteomic background of the infectious and inflammatory processes occurring in amniotic fluid. By employing our CysTRAQ approach in combination with additional fractionation and separation techniques, we managed to describe a remarkable number of the amniotic fluid proteins. Owing to the quantitation feature of CysTRAQ, we were also able to...