Syntéza látok ovplyvňujúcich interakcie reťazcov nukleových kyselín

Abstract

Látky schopné selektívne sa viazať na štruktúry DNA a prípadne aj ovplyvňovať jej funkcie sú niekoľko desaťročí centrom záujmu mnohých výskumníkov. Miestom pôsobenia týchto látok je malý žliabok DNA. Distamycin A, netropsin, Hoechst 33258 a mnohé ďalšie zlúčeniny sú látkami, ktoré majú potenciál špecificky interagovať so sekvenciami DNA bohatými najmä na A T páry báz. Táto práca je zameraná práve na vyhľadávanie a syntézu molekúl štruktúrne a funkčne podobných týmto látkam. Syntézami rôznych zlúčenín bol vykonávaný určitý skríning s cieľom nájsť látku požadovaných vlastností a metódu, ktorá by najlepšie viedla k jej formulácii. Pri jednotlivých syntézach boli využité rôzne postupy, a preto metodika práce nie je úplne jednotná. Spoločným znakom však bola príprava jednotlivých látok v roztoku. Na konečnú syntézu bolo potreba vykonať množstvo čiastkových reakcií, ktoré neboli vždy úplne úspešné. Úspešne sa však podarilo syntetizovať štyri zlúčeniny, u ktorých boli následne vykonané molekulárno-biologické testy na zvýšenie teploty topenia, ktoré odhalili nízku aktivitu týchto látok. Najperspektívnejšou sa javí molekula N,N'-(1,3-fenylénbis(metylén))bis(4-((diamino-metylén)amino)-1-metylpyrol-2- karboxamidu), pretože poskytla najlepšie výsledky.

Substances which can bind selectively to the DNA structures and modify its' functions are in the center of study of many researchers for several decades. A place of their action is the minor groove of DNA. Distamycin A, netropsin, Hoechst 33258 and many other compounds are substances with a potential to interact with DNA sequences, especially with A T base pairs rich ones. My thesis is focused on searching and synthesizing of molecules structurally and functionally similar to compounds mentioned above. In order to find the structure with required properties as well as the method for the synthesis, screening by preparation of various compounds has been made. Each synthesis was performed using various methods confirming that the methodology is not entirely uniform. Common required result of each synthesis was preparation of final compound in a water soluble salt. Many partial reactions were not always successful, but necessary for terminal synthesis of required compounds. Syntheses of four compounds were successful, which were tested by molecular biology methods for increasing the melting temperature. The performed tests have shown low activity of the prepared compounds. N,N'-(1,3-phenylenebis(methylene))bis(4- ((diaminomethylene)amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamide) seems to be the most...