Příprava luciferázových konstruktů pro promotor genu DHRS3

Abstract

Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Řešitel: Lucie Voborová Školitel: PharmDr. Petra Malátková, Ph.D. Název diplomové práce: Příprava luciferázových konstruktů pro promotor genu DHRS3 Membránově vázané reduktázy, mezi které patří i DHRS3, představují málo prozkoumanou oblast. Předpokládá se, že DHRS3 má svou roli v metabolismu retinoidů, kde se podílí na udržování rovnováhy signalizace all-trans-retinové kyseliny (ATRA) a tímto reguluje tvorbu osy těla. Genová regulace DHRS3 prostřednictvím retinoidů ale doposud nebyla popsána. Proto jsme se rozhodli genovou regulaci DHRS3 zkoumat. Její objasnění může napovědět více o funkci DHRS3. Pro provedení promotorové analýzy bylo potřebné připravit luciferázové konstrukty obsahující různě dlouhou oblast promotoru DHRS3. V přípravě byly použity kroky amplifikace, restrikce, ligace, transformace, "colony PCR", kontrolní a zpětná restrikce a sekvenace. Jednotlivé kroky byly optimalizovány pro konkrétní konstrukty tak, aby došlo k jejich správnému sestavení. Díky vhodně zvoleným postupům a jejich optimalizacím se podařilo připravit konstrukty v dostatečném množství a kvalitě. Mohou tak být použity při luciferázové analýze jako součást promotorové analýzy. Klíčová slova: Klonování, dehydrogenáza/reduktáza,...

Charles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Sciences Candidate: Lucie Voborová Supervisor: PharmDr. Petra Malátková, Ph.D. Title of diploma thesis: Construction of promoter-luciferase constructs for DHRS3 gene Membrane-bound reductases, which include DHRS3, are still under-researched area. It is assumed that DHRS3 plays a role in the metabolism of retinoids, which contributes to maintaining the balance of all-trans-retinoic acid (ATRA) signaling and thereby regulates the formation of body axis. Gene regulation of DHRS3 by retinoids has not been described yet. Therefore, we decided to examine the gene regulation of DHRS3. The clarification of gene regulation may tell more about DHRS3 function. In order to perform the analysis of the promoter it was necessary to prepare luciferase constructs containing varying lengths of the promoter region of DHRS3. The preparation of the constructs involved amplification, restriction, ligation, transformation, colony PCR, restriction analysis and sequencing. The individual steps were optimized for specific constructs so as to achieve their correct assembly. Thanks to appropriate procedures and optimization constructs were created in sufficient quantity and quality, and can thus be used in the analysis of the promoter...