Phylogenetic and taxonomic characterization of new haloarchaea related to natronomonas.

Abstract

Kandidát: Anna Šantorová Název diplomové práce: Fylogenetická a taxonomická charakterizace nových haloarcheí blízkých rodu Natronomonas. Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd University of Sevilla, Faculty of Pharmacy Department of Microbiology and Parasitology Studijní program: Farmacie Tato práce pokračuje v charakterizaci nových Archeí blízkých rodu Natronomonas izolovaných z hypersalinních vod solných polí, lokalizovaných u města Huelva v jihozápadním Španělsku. Jedná se o mikroorganismy vyžadující k životu vysokou koncentraci solí v okolním prostředí. S jejich charakterizací začala Ana Durán-Viseras a během svého pobytu jsem se podílela na jejím pokračování. Pro doplnění fylogenetické studie jsme amplifikovali gen rpoB' jednotlivých Archeí v rámci MLSA a vytvořili fylogenetický strom. Na základě těchto výsledků jsme usoudili, že se jedná o nový rod. Tento fakt byl dále potvrzen analýzou složení polárních lipidů pomocí HPTLC. U izolované DNA jsme určili obsah guaninových a cytosinových bazí, jenž je součástí taxonomických charakterizací nových druhů. Započali jsme s fenotypickou charakterizací.

Candidate: Anna Šantorová Title of diploma thesis: Phylogenetic and taxonomic characterization of new haloarchaea related to Natronomonas. Charles University, Faculty of Pharmacy Department of Biological and Medicinal Sciences University of Sevilla, Faculty of Pharmacy Department of Microbiology and Parasitology Study program: Pharmacy This work continues with the characterization of new Archaea related to the genus Natronomonas isolated from hypersaline waters of solar salterns located near the city of Huelva in the southwest of Spain. These microorganisms need a high concentration of salts in the environment for their survival and growth. Ana Durán-Viseras started with their characterization and I was participating on the continuation of the project during my stay in Sevilla. To complete the phylogenetic studies, we amplified the rpoB' gene of the potentially new species of Archaea as a part of MLSA and we created a phylogenetic tree. Based on these results we came to the conclusion that they represent new genus, which was later confirmed by the analysis of polar lipids profile by the HPTLC method. We have determined the guanine and cytosine content, which is part of the taxonomic characterization of new prokaryotic species. We have started the phenotypic characterization.