Studium interakcí enzymu DHRS7 s proteiny metodou pull-down

Abstract

Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Kateřina Káchová Školitel: RNDr. Eva Novotná, Ph.D. Název diplomové práce: Studium interakcí enzymu DHRS7 s proteiny metodou pull-down Dehydrogenáza/reduktáza nadrodiny SDR 7 (DHRS7) patří mezi méně probádané enzymy této nadrodiny. Bylo prokázáno, že se tento enzym in vitro zapojuje do redukčního metabolismu celé řady sloučenin, jako například steroidů, retinoidů a xenobiotik. V poslední době se také objevují výsledky poukazující na možnou roli tohoto enzymu v patogenezi nádoru prostaty či jiných onemocnění. Proto by bylo vhodné tento enzym podrobněji charakterizovat s cílem objasnit jeho pato/fyziologickou funkci v organismu. Jelikož se v poslední době poukazuje na důležitost protein-protein interakcí pro funkci proteinů, bylo cílem této práce popsat interakční partnery enzymu DHRS7 a tím přispět k prohloubení znalostí o tomto enzymu. K tomu byla použita in vitro metoda pull-down. V prvním kroku byl enzym DHRS7 (návnadový protein) imobilizován na vhodný nosič (magnetické partikule His Mag Sepharose Ni a nemagnetické Protino Ni-IDA partikule). Poté byl nosič s DHRS7 enzymem inkubován s lyzátem buněk Hep G2, zdrojem možných interakčních partnerů. SDS-PAGE elektroforéza vzorků po eluci obsahovala několik...

Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Kralove Department of Biochemical Sciences Candidate: Kateřina Káchová Supervisor: RNDr. Eva Novotná, Ph.D. Title of diploma thesis: Study of protein-protein interaction of DHRS7 enzyme by pull-down assay Dehydrogenase/reductase (SDR family) member 7 (DHRS7) is one of the less studied enzymes of SDR superfamily. It has been proven that this enzyme is in vitro involved in reductive metabolism of various compounds, such as steroids, retinoids and xenobiotics. Recently results pointing out to possible role of this enzyme in the pathogenesis of prostate cancer or other diseases has been published. It would be suitable to better characterize this enzyme to clarifying its patho/physiological role in the organism. Because protein-protein interactions seem to be important for the function of proteins, the aim of this study was to identify interaction partners of the DHRS7, and thus contribute to the improvement of understanding of this enzyme. For our experiments, pull-down assay, in vitro method was utilized. The first step was immobilization of DHRS7 enzyme (bait protein) to suitable carrier (His Mag Sepharose Ni particles and nonmagnetic Protino Ni-IDA particles). Subsequently, the carrier with immobilized DHRS7 was incubated with the lysate of Hep G2...