Role AGO-hook domény histonového chaperonu SPT6L v regulaci genové exprese
The role of the AGO-hook domain of histone chaperone SPT6L in regulation of gene expression
diploma thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/173052Identifiers
Study Information System: 232361
Collections
- Kvalifikační práce [19605]
Author
Advisor
Consultant
Fischer, Lukáš
Referee
Převorovský, Martin
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Experimental Plant Biology with specialisation in Plant Cellular and Molecular Biology
Department
Department of Experimental Plant Biology
Date of defense
27. 5. 2022
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
SPT6L, AGO-hook, transkripce, chromatin, Arabidopsis thalianaKeywords (English)
SPT6L, AGO-hook, transcription, chromatin, Arabidopsis thalianaAGO-hook domény přítomné u některých eukaryotických proteinů slouží k vazbě proteinů z rodiny ARGONAUTE (AGO). Proteiny AGO fungují v mnoha procesech regulujících expresi genů za pomoci jimi navázané malé RNA (sRNA). sRNA slouží k rozpoznání cílového komplementárního transkriptu. Tato práce si klade za cíl zjistit roli předpokládané AGO-hook domény proteinu SPT6L. SPT6L je transkripční elongační faktor z komplexu RNA polymerázy II (Pol II), kde slouží jako histonový chaperon a účastní se epigenetického značení histonů. SPT6L je u Arabidopsis thaliana jedním ze dvou paralogů proteinu SPT6, který je charakterizován právě přítomností AGO-hook domény, což je ryze rostlinné specifikum. Funkce této domény není u rostliny A. thaliana známá. Přesto by se dalo předpokládat, že tato doména bude zajišťovat navádění proteinů AGO do komplexu Pol II, čímž poté může umožnit regulaci modifikací chromatinu, či kotranskripčně ovlivňovat transkripty Pol II cílené sRNA. Tato práce nastiňuje funkci AGO-hook domény proteinu SPT6L u rostliny A. thaliana. Získané výsledky ukazují interakci AGO-hook domény proteinu SPT6L s AGO a její vliv na expresi a na zpracování transkriptů. Klíčová slova SPT6L, AGO-hook, transkripce, chromatin, Arabidopsis thaliana
AGO-hook domains present in some eucaryotic proteins are crucial for a binding family of ARGONAUTE proteins (AGO). These AGO proteins are essential in many biological processes regulating gene expression by small RNA (sRNA), which is complementary to the gene that is supposed to be influenced. This thesis claims to find the function of the putative AGO-hook domain of the protein SPT6L. SPT6L is an elongation factor and histone chaperon of a complex of RNA polymerase II (Pol II) where it is acting in the epigenetic marking of histones. SPT6L of Arabidopsis thaliana is one of two paralogues of SPT6 proteins, that is characteristic of the presence of the AGO-hook domain. This is a plant specificity of this protein. What's more, the function of this domain remains unknown. Despite this, it could be assumed that this domain is necessary for binding of AGO proteins in the complex of Pol II, and by these interactions, it can enable guidance of regulation of chromatin modification, or it can co-transcriptionally influence nascent transcripts of Pol II by the sRNA. This thesis casts light on the function of the AGO-hook domain of SPT6L in A. thaliana in processes of gene regulation and protein interactions. It claims to confirm the interaction of the AGO-hook domain of SPT6L protein with AGO proteins and...