Laboratorní diagnostika microRNA u různých diagnostických skupin

Abstract

Charles University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biological and Medical Sciences Student: Bc. Eliška Hrachovcová Supervisor: PharmDr. Jana Rathouská, Ph.D. Consultant: doc. RNDr. Pavlína Kušnierová, Ph.D. Title of diploma thesis: Laboratory diagnostics of microRNAs in different diagnostic groups Background: Identification of potential miRNA targets for differential diagnosis of patients with atherosclerosis and dementia. Comparison of miRNA expression and uptake in serum samples with cerebrospinal fluid samples. Selection of appropriate miRNAs for differential diagnosis in patients with atherosclerosis and dementia. Furthermore, the selection of miRNA targets with the most significant fold-change and also the lowest p-value for subsequent validation studiues. Methods: To identify potential miRNAs, the received samples were centrifuged, aliquoted and stored at - 80C. miRNAs were isolated using the iCatcher Circulating cfRNA 1000 kit and the CatchGene isolator. Reverse transcription and amplification with detection were then performed. Data were processed in Excel and then statistically processed in GenEx using Mann-Whitney test. Results: The results were evaluated for 2 groups of patients: group A (samples of patients with Parkinson's disease and dementia) and group B (with...

Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Student: Bc. Eliška Hrachovcová Vedoucí diplomové práce: PharmDr. Jana Rathouská, Ph.D. Konzultant diplomové práce: doc. RNDr. Pavlína Kušnierová, Ph.D. Název diplomové práce: Laboratorní diagnostika microRNA u různých diagnostických skupin Cíl práce: Identifikace potenciálních miRNA cílů pro diferenciální diagnostiku pacientů s aterosklerózou a demencí. Porovnání exprese a záchytu miRNA ve vzorcích séra se vzorky mozkomíšního moku. Výběr vhodných miRNA v rámci diferenciální diagnostiky u pacientů s aterosklerózou a s demencí. Dále také výběr miRNA cílů s co nejvýraznější fold-change a zároveň co nejnižší p-hodnotou pro následnou validační studii. Metody: Pro identifikaci potenciálních miRNA byly přijaté vzorky centrifugovány, alikvotovány a skladovány při - 80C. miRNA byla izolována pomocí kitu iCatcher Circulating cfRNA 1000 kit a izolátoru CatchGene. Poté byla provedena reverzní transkripce a amplifikace s detekcí. Data byla zpracována v Excelu a následně statisticky zpracována v programu GenEx pomocí Mann- Whitney testu. Výsledky: Výsledky byly hodnoceny pro 2 skupiny pacientů: skupinu A (vzorky pacientů s Parkinsonovou nemocí a demencí) a skupina B (s aterosklerózou a demencí). Byla hodnocena...