Fyzické mapování centromerických a koncových markerů u vazebných skupin Xenopus tropicalis.

Abstract

Xenopus tropicalis patrí spolu s príbuzným druhem Xenopus laevis mezi významné modelové organismy z pohledu studia vývojových procesu. Nedostatkem Xenopus tropicalis oproti dlouho zavedeným modelum (Melanogaster, Mus apod.) je absence úplné vazebné a fyzické mapy, které jsou predpokladem pro identifikaci vývojove významných genu, vcetne jejich zarazení do syntenních skupin v rámci lidského genomu. V soucasné dobe existuje provizorní vazebná mapa, vytvorená skupinou patrící pod Oddelení biologie a biochemie University of Huston v Texasu, USA. Tvorí ji 10 vazebných skupin (LG1- LG10) a šest vazebných clusteru (A-F) složených z 1713 Simple Sequence Repeat (SSR) polymorfních markeru. Laborator vývojové biologie University Karlovy v Praze se na finalizaci vazebné mapy podílí fyzickým mapováním vybraných polymorfních markeru na chromozómech Xenopus tropicalis, díky kterému se již podarilo priradit všechny vazebné skupiny a clustery k jednotlivým chromozómum a urcit orientaci vetšiny z nich. Fyzické mapování terminálních markeru prokáže, nakolik vazebné skupiny pokrývají chromozómy po celé délce a které oblasti jsou zatím vazebne nezmapované. Spolupracující laborator National Institute for Medical Research v Londýne, UK, pomocí metody gynogenetického krížení sestavila na základe vybraných markeru z provizorní...

Xenopus tropicalis belongs together with its related genus Xenopus laevis to important model organisms on the field of study of developmental processes. In comparison to well introduced models (i.e. Melanogaster, Mus etc.) for Xenopus tropicalis there is an absence of linkage and physical maps that have invaluable importance for the identification of developmentally relevant genes, including their syntheny with human. Currently, there exists provisional linkage map constructed by scientific group of Department of Biology and Biochemistry, University of Huston, Texas, USA. It is constituted of ten linkage groups (LG1-LG10) and six linkage clusters (A-F) composed by total of 1713 Simple Sequence Repeat (SSR) polymorphic markers. The laboratory of developmental biology, Charles University in Prague, participates in completing the linkage map by physical mapping of chosen polymorphic markers on chromosomes Xenopus tropicalis, which led to allocation of each linkage group and cluster to the right chromosome and to assessment of the orientation in most of them. The physical mapping of terminal markers will show us, how far chromosomes are covered with linkage groups and which areas still remain unmapped. The cooperative laboratory from National Institute for Medical Research, London, UK, originated a list of...