Jaderný faktor kappa B a zánětlivá reakce

Abstract

Sáva Klabačková Jaderný faktor kappa B a zánětlivá reakce Bakalářská práce Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Zdravotní laborant Cíl práce: Navržené systémy LNA sond pro členy rodiny NF-B, jeho inhibitorů a kináz nám umožní porovnat aktivaci imunitního systému mezi skupinami bezmikrobních a konvenčních selat. To zahrnuje izolaci celkové RNA, syntézu cDNA, polymerázovou řetězovou reakci, relativní kvantifikaci genové transkripce NF-B a statistické vyhodnocení případných rozdílů mezi skupinami selat. Metody: 1) Skupiny bezmikrobních a konvečních selat, 2) návrh systémů LNA sond pro PCR genů rodiny NF-B, 3) kolonová metoda izolace celkové RNA z ilea, 4) spektrofotometrické posouzení její koncentrace a čistoty, 5) reverzní transkripce, 6) polymerázová řetězová reakce v reálném čase, 7) potvrzení velikosti amplikonu elektroforézou, 8) stanovení relativní genové exprese za použití referenčních genů. Výsledky: Systémy LNA sond (RelA-85, RelB-1, cRel-63, NF-B1-63, NF-B2-21, NFBIA-27, Bcl3-9, IKK1-7, IKK2-3, NEMO-27) s potvrzením požadované velikosti amplikonu elektroforézou. Mezi skupinami bezmikrobních a konvenčních selat jsme pozorovali rozdíly v aktivaci jednotlivých genů, které však v mnoha případech nebyly statisticky průkazné. Závěr: Navrhli jsme a zavedli systém...

Sáva Klabačková Nuclear factor kappa B and inflammatory reaction Bachelor thesis Charles University in Prague Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Medical laboratory technician Background: Proposed of LNA probe-based PCR systems for study of NF-B family-related molecules will make possible a comparison of differences between activation of immune systems of groups of germ-free and conventional piglets. This requires: a purification of total RNA and synthesis of cDNA, PCR, relative quantifications of transcriptions of NF-B-related molecules and a statistical evaluation of possible differences between piglet groups. Methods: 1) Germfree and conventional piglets, 2) a proposal of PCR systems with LNA probes for genes of NF-B family and related molecules, 3) a column-based isolation of total RNA from ileum, 4) spectrophotometric evaluation of RNA purity and concentration, 5) a reverse transcription, 6) real-time PCR, 7) an electrophoretic confirmation of amplicons sizes, 8) a relative mRNA expression normalized against reference genes. Results: The LNA probes-based PCR systems for RelA-85, RelB-1, cRel-63, NF-B1-63, NF-B2-21, NFBIA-27, Bcl3-9, IKK1-7, IKK2-3, NEMO-27 of predicted amplicons molecular sizes. Differences in gene transcriptions between germ-free and conventional piglets were found,...