dc.contributor.advisor | Krásný, Libor | |
dc.creator | Mikesková, Klára | |
dc.date.accessioned | 2024-06-02T06:31:56Z | |
dc.date.available | 2024-06-02T06:31:56Z | |
dc.date.issued | 2022 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/20.500.11956/173292 | |
dc.description.abstract | Transcription is catalysed by the enzyme RNA polymerase (RNAP). RNAP contains a core made up of two α subunits, one of each β, β'and ω. These subunits are conserved in all bacteria. The ω subunit is a small subunit with a molecular weight of 7.6 kDa that binds β'. ω is important for the folding and integrity of RNAP and promoter selection. This was shown by experiments performed with Gram-negative bacteria but the knowledge about in Gram-positive bacteria is minimal. In my Diploma Thesis, I characterized from the model Gram-positive bacterium from the phylum Firmicutes, Bacillus subtilis. First, I prepared various expression strains for isolation of Bacillus subtilis ω. Then, I successfully isolated the ω subunit, which was the main initial aim of this Diploma Thesis. Subsequently, I tested the influence of the ω subunit on in vitro transcription by RNAP associated with the primary σA factor and alternative σF and σE factors that regulate sporulation in Bacillus subtilis. I also evaluated the effect of , a small RNAP subunit found in Firmicutes, both alone and in combination with . The experiments revealed that ω stimulated transcription both from vegetative promoters and sporulation-related promoters. Moreover, this stimulation was synergistically amplified by the δ subunit. This nicely... | en_US |
dc.description.abstract | Transkripce je zprostředkována enzymem RNA polymerázou (RNAP). RNAP obsahuje jádro tvořené dvěma podjednotkami α, a po jedné β, β' a ω. Tyto podjednotky jsou konzervované u všech bakterií. Podjednotka ω je malá podjednotka o velikosti 7,6 kDa, která se váže na podjednotku β'. Podjednotka ω je důležitá pro složení a integritu RNAP a výběr promotorů. Toto bylo ukázáno experimenty provedenými na Gram-negativních bakteriích, ale vědomosti o podjednotce ω u Gram-pozitivních bakterií jsou minimální. Ve své diplomové práci jsem charakterizovala ω z modelové Gram-pozitivní bakterie ze skupiny Firmicutes, Bacillus subtilis. Nejprve jsem připravila několik expresních kmenů pro izolaci podjednotky ω z Bacillus subtilis. Následně jsem úspěšně provedla její izolaci, což byl hlavní a původní cíl této Diplomové práce. Dále jsem testovala vliv podjednotky ω na transkripci in vitro pomocí asociace RNAP s primárním faktorem A i s alternativními faktory σF a σE , které regulují sporulaci u Bacillus subtilis. Také jsem studovala vliv podjednotky δ, malé podjednotky RNAP nacházející se u skupiny Firmicutes, a to samostatně, i v kombinaci s podjednotkou ω. Mé výsledky odhalily, že podjednotka ω stimuluje transkripci z promotorů vegetativních i těch asociovaných se sporulací. Navíc, tato stimulace byla synergicky... | cs_CZ |
dc.language | English | cs_CZ |
dc.language.iso | en_US | |
dc.publisher | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.subject | ω subunit | en_US |
dc.subject | δ subunit | en_US |
dc.subject | RNA polymerase | en_US |
dc.subject | transcription | en_US |
dc.subject | sporulation | en_US |
dc.subject | SigA | en_US |
dc.subject | SigF | en_US |
dc.subject | SigE | en_US |
dc.subject | podjednotka ω | cs_CZ |
dc.subject | podjednotka δ | cs_CZ |
dc.subject | RNA polymeráza | cs_CZ |
dc.subject | transkripce | cs_CZ |
dc.subject | sporulace | cs_CZ |
dc.subject | SigA | cs_CZ |
dc.subject | SigF | cs_CZ |
dc.subject | SigE | cs_CZ |
dc.title | The omega subunit of Bacillus subtilis RNA polymerase. | en_US |
dc.type | diplomová práce | cs_CZ |
dcterms.created | 2022 | |
dcterms.dateAccepted | 2022-06-03 | |
dc.description.department | Katedra genetiky a mikrobiologie | cs_CZ |
dc.description.department | Department of Genetics and Microbiology | en_US |
dc.description.faculty | Faculty of Science | en_US |
dc.description.faculty | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
dc.identifier.repId | 229893 | |
dc.title.translated | Podjednotka omega RNA polymerázy z Bacillus subtilis. | cs_CZ |
dc.contributor.referee | Nešvera, Jan | |
thesis.degree.name | Mgr. | |
thesis.degree.level | navazující magisterské | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Mikrobiologie | cs_CZ |
thesis.degree.discipline | Microbiology | en_US |
thesis.degree.program | Mikrobiologie | cs_CZ |
thesis.degree.program | Microbiology | en_US |
uk.thesis.type | diplomová práce | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-cs | Přírodovědecká fakulta::Katedra genetiky a mikrobiologie | cs_CZ |
uk.taxonomy.organization-en | Faculty of Science::Department of Genetics and Microbiology | en_US |
uk.faculty-name.cs | Přírodovědecká fakulta | cs_CZ |
uk.faculty-name.en | Faculty of Science | en_US |
uk.faculty-abbr.cs | PřF | cs_CZ |
uk.degree-discipline.cs | Mikrobiologie | cs_CZ |
uk.degree-discipline.en | Microbiology | en_US |
uk.degree-program.cs | Mikrobiologie | cs_CZ |
uk.degree-program.en | Microbiology | en_US |
thesis.grade.cs | Výborně | cs_CZ |
thesis.grade.en | Excellent | en_US |
uk.abstract.cs | Transkripce je zprostředkována enzymem RNA polymerázou (RNAP). RNAP obsahuje jádro tvořené dvěma podjednotkami α, a po jedné β, β' a ω. Tyto podjednotky jsou konzervované u všech bakterií. Podjednotka ω je malá podjednotka o velikosti 7,6 kDa, která se váže na podjednotku β'. Podjednotka ω je důležitá pro složení a integritu RNAP a výběr promotorů. Toto bylo ukázáno experimenty provedenými na Gram-negativních bakteriích, ale vědomosti o podjednotce ω u Gram-pozitivních bakterií jsou minimální. Ve své diplomové práci jsem charakterizovala ω z modelové Gram-pozitivní bakterie ze skupiny Firmicutes, Bacillus subtilis. Nejprve jsem připravila několik expresních kmenů pro izolaci podjednotky ω z Bacillus subtilis. Následně jsem úspěšně provedla její izolaci, což byl hlavní a původní cíl této Diplomové práce. Dále jsem testovala vliv podjednotky ω na transkripci in vitro pomocí asociace RNAP s primárním faktorem A i s alternativními faktory σF a σE , které regulují sporulaci u Bacillus subtilis. Také jsem studovala vliv podjednotky δ, malé podjednotky RNAP nacházející se u skupiny Firmicutes, a to samostatně, i v kombinaci s podjednotkou ω. Mé výsledky odhalily, že podjednotka ω stimuluje transkripci z promotorů vegetativních i těch asociovaných se sporulací. Navíc, tato stimulace byla synergicky... | cs_CZ |
uk.abstract.en | Transcription is catalysed by the enzyme RNA polymerase (RNAP). RNAP contains a core made up of two α subunits, one of each β, β'and ω. These subunits are conserved in all bacteria. The ω subunit is a small subunit with a molecular weight of 7.6 kDa that binds β'. ω is important for the folding and integrity of RNAP and promoter selection. This was shown by experiments performed with Gram-negative bacteria but the knowledge about in Gram-positive bacteria is minimal. In my Diploma Thesis, I characterized from the model Gram-positive bacterium from the phylum Firmicutes, Bacillus subtilis. First, I prepared various expression strains for isolation of Bacillus subtilis ω. Then, I successfully isolated the ω subunit, which was the main initial aim of this Diploma Thesis. Subsequently, I tested the influence of the ω subunit on in vitro transcription by RNAP associated with the primary σA factor and alternative σF and σE factors that regulate sporulation in Bacillus subtilis. I also evaluated the effect of , a small RNAP subunit found in Firmicutes, both alone and in combination with . The experiments revealed that ω stimulated transcription both from vegetative promoters and sporulation-related promoters. Moreover, this stimulation was synergistically amplified by the δ subunit. This nicely... | en_US |
uk.file-availability | V | |
uk.grantor | Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra genetiky a mikrobiologie | cs_CZ |
thesis.grade.code | 1 | |
uk.publication-place | Praha | cs_CZ |
uk.embargo.reason | protection of information protected by a special law | en |
uk.embargo.reason | ochrana informací chráněných zvláštním zákonem | cs |
uk.thesis.defenceStatus | O | |
dc.identifier.lisID | 9925532395706986 | |