Epigenetické regulace genové exprese při nádorové progresi a latenci viru HIV-1

Abstract

Epigenetic mechanisms of transcriptional regulation and modulation of gene expression using RNA interference have become a powerfull tool for studying various cellular mechanisms, including tumor progression and viral latency. Advances in expression profiling have provided technology to detect candidate genes implicated in this complex process and bring other possibilities in the diagnosis and treatment of tumor diseases. In this work, I compare the gene expression profiles of v-src-transformed metastatic and nonmetastatic cells using microarray chip technology. Transcription factor homeodomain only protein X (HOPX) was identified as one of the differentially expressed genes. Activity of HOPX gene in several cancer types is usually controlled by promoter methylation. The role HOPX in metastatic formation was assessed by inoculation of cells with modulated expression of HOPX in a syngeneic chicken model system. After HOPX knockdown using shRNA, originally metastatic line showed decreased in vivo metastatic capacity. Further genomic analyses identified a cadre of genes affected by HOPX knockdown. These data demonstrate that HOPX is a metastasis-associated gene and that its knockdown decreases the metastatic activity of v-src-transformed cells through altered gene expression patterns. In the second...

Epigenetické mechanizmy transkripční regulace a modulace genové exprese pomocí RNA interference se staly významnými nástroji pro studium řady buněčných mechanizmů včetně nádorové progrese a virové latence Pokroky v profilování genové exprese poskytují nástroj k detekci kandidátních genů zúčastněných v tomto komplexním procesu a přináší další možnosti v diagnostice a specifické léčbě nádorových onemocnění. V této práci porovnávám pomocí mikročipové technologie expresní profily metastázující a nemetastázující linie buněk trasformovaných genem v-src. Transkripční faktor homeodomain only protein X (HOPX) byl identifikován jako jeden z diferenciálně exprimovaných genů. Aktivita genu HOPX v různých typech nádorů bývá kontolována zejména metylací jeho promotoru. Roli HOPX v metastatickém procesu jsem potvrdila inokulací buněk s modulovanou expresí HOPX do syngenních kuřat. Po snížení exprese HOPX pomocí shRNA vykazovala původně metastázující linie menší metastatickou kapacitu in vivo. Další genomová analýza identifikovala soubor genů ovlivněných sníženou expresí HOPX. Tato data demonstrují, že HOPX je gen asociovaný s metastázováním a snížení jeho exprese vede k potlačení metastatické aktivity buněk transformovaných genem v-src změnou expresních vzorců. Ve druhém projektu jsem se věnovala latenci viru...