New interconnections between lipid metabolism and chromatin regulation

Abstract

Lipid metabolism has been implicated in changes of chromatin modifications resulting in altered gene expression. Such regulation is important for cellular differentiation or cancer progression, however, the mechanism of how altered metabolic flux leads to targeted changes in chromatin modifications which then regulate gene transcription or heterochromatin maintenance is still poorly understood. We describe that fission yeast cells defective in fatty acid synthesis show increased expression of a subset of stress-response genes. This altered gene expression depends on the SAGA and NuA4 histone acetyltransferases and is associated with increased acetylation of histone H3 at lysine 9 in the corresponding gene promoters. Moreover, diminished fatty acid synthesis results in increased cellular resistance to oxidative stress. Additionally, the lipid metabolism mutants display chromatin alterations in centromeres and subtelomeres, regions of constitutive heterochromatin. We propose that changes in lipid metabolism can regulate histone acetylation and transcription of specific stress-response genes, but also lead to more global changes in heterochromatin. And while we clearly see the consequences of increased stress-response genes which result in promoting redox homeostasis, the implications of altered...

Metabolismus lipidů je úzce spjat s modifikacemi chromatinu, které ovlivňují genovou expresi. Tato regulace je důležitá pro buněčnou diferenciaci nebo růst rakovinných buněk, nicméně mechanismus, jakým změny v buněčném metabolismu ovlivňují chromatinové modifikace, které následně regulují genovou transkripci nebo udržování heterochromatinu, nebyl dodnes objasněn. Popsali jsme, že buňky kvasinek Schizosaccharomyces pombe defektní v syntéze mastných kyselin vykazují zvýšenou expresi genů stresové odpovědi, která závisí na aktivitě histonacetyltransferáz SAGA a NuA4 a je spojena se zvýšenou acetylací histonu H3 na lysinu 9 v odpovídajících genových promotorech. Navíc snížená syntéza mastných kyselin vede ke zvýšené buněčné rezistenci vůči oxidativnímu stresu. Kromě toho mutanty metabolismu lipidů vykazují změny konstitutivního heterochromatinu na centromerách a subtelomerách. Navrhli jsme proto, že změny v metabolismu lipidů mohou regulovat acetylaci histonů a transkripci specifických genů stresové odpovědi, ale také vést ke globálním změnám v heterochromatinu. Zatímco zvýšená exprese stresových genů podporuje redoxní homeostázu, důsledky změn heterochromatinu vlivem snížené syntézy mastných kyselin zatím nedokážeme spolehlivě interpretovat. Ukázali jsme také, že signální dráhy reagující na dostupnost...