Studium chemorezistence u pacientů s kolorektálním karcinomem léčených 5-fluorouracilem

Abstract

Volba léčebné strategie u onkologických pacientů závisí na celé řadě klinických a molekulárně biologických faktorů. Ačkoliv již bylo navrženo několik molekulárních biomarkerů, v klinické praxi se jich využívá jen pár a stále jich není dostatek pro spolehlivou personifikovanou medicínu. Vzhledem k nedostatečným výsledkům úspěšnosti léčby u mnoha pacientů s kolorektálním karcinomem (CRC) je zde naléhavá potřeba personalizované medicíny s cílem identifikovat nové prediktivní biomarkery. Jednou z hlavních překážek při léčbě pokročilého stádia CRC je vývoj chemorezistence k systémové chemoterapii. Časná detekce rezistentních klonů nádorových buněk by mohla vést ke změně léčebných režimů, avšak vyžaduje dlouhodobé sledování pacientů a poznání specifických markerů chemorezistence. Náplní této diplomové práce bylo stanovení biomarkerů spjatých s chemorezistencí na 5-fluorouracil (5-FU), jedno z nejčastěji používaných chemoterapeutik v léčbě pacientů s CRC. V prvním kroku se z maternálních (sensitivních) a rezistentních DLD-1 (rezistenti na 40 µM 5-FU a rezistenti na 160 µM 5-FU) buněčných linií připravila knihovna pro sekvenování celého transkriptomu za využití sekvenování nové generace (NGS). Pomocí bioinformatických analýz se vybraly vhodné kandidátní geny (HIST1H2BE, CD44, DKK1, ALDH1L1 a ABCC2) k...

The choice of treatment strategy in patients with malignant disease depends on various clinical and molecular biological factors. Although several molecular predictive biomarkers have already been proposed, only a few of them are used in clinical practice and the number is still not enough for reliable personalized medicine. Given the lack of treatment success results in many colorectal cancer (CRC) patients, there is an urgent need for personalized medicine to identify new predictive biomarkers. One of the main clinical challenges in the treatment of advanced CRC is the development of chemoresistance to systematic chemotherapy. Early detection of resistant cancer cells clones could lead to changes in treatment regimens but it requires a long-term follow up of patients and monitoring of specific markers of chemoresistance. The aim of this master's thesis has been to determine the biomarkers associated with chemoresistance to 5-FU drug, one of the most used chemotherapeutics in the treatment of CRC patients. In the first step, the whole transcriptome of maternal (sensitive) and resistant DLD-1 (line resistant to 40 µM 5-FU and line resistant to 160 µM 5-FU) cell lines using the next generation sequencing (NGS) has been analyzed. Through bioinformatic analyses, potential candidate genes (HIST1H2BE,...