Interplay between the tRNA anticodon stem and small ribosomal proteins forming the decoding site during stop codon readthrough
Interakce mezi antikodonovým ramenem tRNA a malými ribozomálními proteiny tvořícími dekódovací místo při pročtení stop kodonu
dizertační práce (OBHÁJENO)
Omezená dostupnost dokumentu
Celý dokument nebo jeho části jsou nepřístupné do 18. 06. 2027
Důvod omezené dostupnosti:
ochrana duševního vlastnictví, zejména ochrana vynálezů či technických řešení
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/190946Identifikátory
SIS: 196438
Kolekce
- Kvalifikační práce [19600]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Eliáš, Marek
Macíčková Cahová, Hana
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie
Katedra / ústav / klinika
Katedra genetiky a mikrobiologie
Datum obhajoby
17. 6. 2024
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Prospěl/a
Klíčová slova (česky)
tRNA, terminace translace, readthroughKlíčová slova (anglicky)
tRNA, termination of translation, readthroughTransferové RNA (tRNA) představují nepostradatelnou součást tvorby proteinů, které během elongace přivádějí aminokyseliny na A-místo ribozomu. Pravidla, kterými se řídí správná shoda mezi antikodonem tRNA a kodonem mRNA v A-místě, jsou stanovena genetickým kódem. Konkrétně kód definuje, že 61 kodonů je rozpoznáváno tRNA a 3 stop kodony označující ukončení translace jsou rozpoznávány uvolňovacím faktorem. Za určitých okolností však může být stop kodon rozeznán tzv. near-cognate (nebo cognate) tRNA a translace pokračuje dále. Tento proces, nazývaný pročítání stop kodonu, může být přínosný pro terapii dědičných genetických onemocnění způsobených předčasnými terminačními kodony (PTC) a také je klíčový pro organismy s přeřazováním identity stop kodonu na kodon kódující aminokyselinu. V této práci ukazuji, že kromě samotného antikodonu, antikodonové rameno dvou různých near-cognate tRNA, jmenovitě kvasinkové tRNAGln CUG a tRNATrp CCA Blastocrithidie nonstop, je rozhodující pro jejich potenciál pročíst stop kodony. Konkrétně demonstruji, že kvasinková tRNAGln CUG spoléhá na specifický pár bází pyrimidin 28 : purin 42, představující čtvrtý pár v jeho antikodonovém rameni (přesněji řečeno, ve stopce), zatímco tRNATrp CCA B. nonstop získala mutaci, která způsobila zkrácení jeho antikodonové stopky z...
Transfer RNAs (tRNAs) represent an indispensable part of protein synthesis by delivering amino acids into ribosomal A site during elongation. The rules that govern the correct match between the tRNA anticodon and the A-site mRNA codon are set by the genetic code. Specifically, the code defines that 61 sense codons are recognized by tRNAs and 3 stop codons marking translation termination are recognized by the release factor. In certain circumstances, a near-cognate (or a cognate) tRNA can be incorporated at the stop codon and translation elongation proceeds further. This process, called stop codon readthrough, may be beneficial as a therapy for inherited genetic diseases caused by premature termination codons (PTCs), and importantly, it is crucial for organisms with stop codon reassignment(s). Here I show that apart from the anticodon itself, the peculiar anticodon stem of two different near-cognate tRNAs, namely yeast S. cerevisiae tRNAGln CUG and Blastocrithidia nonstop tRNATrp CCA, is critical for their readthrough promoting potential. In particular, yeast tRNAGln CUG relies on the specific pyrimidine 28 : purine 42 base pair forming the 4th pair of its anticodon stem, whereas tRNATrp CCA of B. nonstop acquired a mutation that shortened its anticodon stem from the canonical 5 to the 4 base pairs,...