Analýza kandidátních transmembránových adaptorových proteinů

Abstract

Transmembránové adaptorové proteiny (TRAP) fungují jako kotvící místa pro různé signalizační molekuly a umožňují tak vznik velkých signalizačních komplexů v blízkosti plasmatické membrány. Časově a prostorově regulují signalizační události, a tím napomáhají rychlému a efektivnímu přenosu signálu z receptorů na povrchu buněk do buněčného nitra. Důležitá role známých TRAP v závislosti na jejich lokalizaci v lipidových raftech pro správný vývoj a funkci buněk imunitního systému je stále diskutována. Důvodem je absence výrazného fenotypu u knock-out myší. Jedinými výjimkami jsou deficience ITAMobsahujících adaptorů imunoreceptorů a adaptoru Lat asociovaného s lipidovými rafty, které vedou k poruchám ve vývoji T-lymfocytů a jejich snížené TCR signalizaci. Cílem mé diplomové práce bylo bioinformaticky vyhledat, provést filtrování kandidátních genů na základě predikovaných a publikovaných dat a vybrané kandidátní TRAP poté částečně funkčně charakterizovat. Zjišťovala jsem jejich přítomnost na plasmatické membráně a zda-li jejich ektopická zvýšená exprese uvnitř buněk bude mít roli na expresi povrchového aktivačního znaku T-lymfocytů CD69. Ze 14 kandidátních TRAP může být pouze jediný protein Pdzk1ip1 lokalizován na plasmatické membráně, avšak jeho zvýšená exprese nemá vliv na expresi CD69 v buňkách po TCR...

Transmembrane adaptor proteins (TRAPs) function as a scaffolding anchor for numerous signaling molecules and facilitate formation of large signaling complexes near the plasma membrane. They regulate spatio-temporal organization of signaling events in order to transduce fast and effective signal from surface receptors into the cell nucleus. The importance of described TRAPs in the development and proper functioning of immune cells in relation to their localization within lipid rafts is still under debate. The simple reason is the lack of a profound phenotype in knock-out mice. The described phenotypes observed in animals deficient in ITAM-containing adaptors of immunoreceptors as well as lipid raft adaptor Lat all lead to the block in the T-cell development and impaired TCR signaling. The subject of my diploma thesis is to perform bioinformatic search and filter candidate TRAP genes according to predicted and published data. Selected TRAP candidates were subjected to functional characterization. I checked for their localization to the plasma membrane and correlate their ectopic overexpression with the expression of CD69 surface Tcell activation marker. From 14 candidate TRAPs, only a single Pdzk1ip1 protein is probably localized to the plasma membrane but its expression does not influence CD69...