Genetika hub, evoluce genomu a vyuziti prutokoveho cytometru pri studiu DNA

Abstract

Genom hub je dynamicky se měnící struktura. Jeho přestavbou může organismus reagovat na změny v prostředí a neustále se vyvíjet. Zajímavý jev je časté zvětšení genomu doprovázející přechod houby k parazitickému nebo mutualistickému způsobu života. Může se jednat o zmnožení některých chromosomů (aneuploidizace), duplikaci celého genomu (polyploidizace) nebo o šíření repetitivních sekvencí. Vliv velikosti genomu na ekologii a životní strategii organismu je v posledních letech stále více studován. V mykologii však prozatím uniká větší pozornosti. Průtokový cytometr (FCM) je moderní a progresivně se vyvíjející metoda umožňující zjistit velikost genomu, případně i odhadnout procentuální zastoupení GC/AT bází. Kombinace FCM se znalostmi ekologie hub a mechanismů utvářejících genom umožňuje odhalit obecné tendence evolučních procesů. Má práce shrnuje poznatky o mechanismech vedoucích ke změně velikosti/struktury houbového genomu, o korelacích s velikostí genomu a představuje princip průtokového cytometru a jeho uplatnění v mykologii.

The fungal genome is a dynamically changing structure. By its remodelling, the organism can respond to the environmental changes and develop itself. The genome expansion is often accompanied by transition to parasitic or mutualistic way of life. The genome expansion can be caused by the multiplication of some chromosomes (aneuploidisation), the whole genome duplication (polyploidisation) or the spreading of repetitive sequences. The impact of genome size to the ecology and life strategy of the organisms is more and more studied in recent years. In mycology, nevertheless, it escapes sufficient attention. The flow cytometry (FCM) is a modern and progressively developing method that enables to determine the genome size and estimate CG/AT base ratio. The combination of FCM with knowledge of the fungal ecology and forces that form the genome enable to discover a general trends of the evolutionary processes. My study summarises knowledge about the processes leading to changes in the size/structure of the fungal genome, the correlations with genome size and presents the principle of flow cytometry and its application in mycology.