Vícečetné zarovnávání sekvencí

Abstract

Název práce: Vícečetné zarovnávání sekvencí Autor: Matej Ferenc Katedra (ústav): Katedra aplikované matematiky Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Ondřej Pangrác, Ph.D. e-mail vedoucího: pangrac@kam.mff.cuni.cz Abstrakt: V práci študujeme problém zarovnania viacerých proteínových alebo DNA sekvencií. Existuje mnoho prístupov k jeho riešeniu, pričom niektoré algoritmy sú optimalizované na rýchlosť, iné na kvalitu zarovnania. Implementujeme dve metódy - iteratívnu a progresívnu, ktoré vychádzajú z rovnakého princípu: použiť vývojové stromy, pomocou ktorých zostavíme zarovnanie. Zavedieme niekoľko metód na výpočet vzdialenosti sekvencií. Cieľom práce je porovnať jednotlivé metódy pre zarovnanie a zistiť, kedy je ich vhodné použiť a tiež nájsť parametre, pomocou ktorých dosiahneme najlepšie výsledky zarovnania. Klíčová slova: bioinformatika, zarovnanie, sekvencie

Title: Multiple Sequence Alignment Author: Matej Ferenc Department: Department of Applied Mathematics Supervisor: RNDr. Ondřej Pangrác, Ph.D. Supervisor's e-mail address: pangrac@kam.mff.cuni.cz Abstract: In this work we study multiple sequence alignment problem, for aligning protein or DNA sequences. There is a lot of ways how to solve this problem. Some of them are optimized for speed, while others are optimized for quality of the produced alignment. We implement two methods - progressive and iterative, which are based on creating a phylogeny tree and align sequences according to it. We will also provide a few distance methods. Our aim is to compare the methods and their parameters for creating best alignments and to find out, when to use which methods. Keywords: bioinformatics, alignment, sequences