Studium receptoru dendritickych bunek DCL-1 pomocí technik NMR

Abstract

(ČJ) Receptor DCL-1 (CD302) vyskytující se především na povrchu dendritických buněk je na základě sekvenční podobnosti zařazen do rodiny C-lektinových receptorů. Jelikož však jeho extracelulární doména postrádá jakékoli motivy pro vazbu sacharidových struktur v koordinaci s kationtem vápníku, lze předpokládat, že pokud bude sacharidové struktury vázat, nebude se tak dít klasickou cestou jako například u manosového receptoru nebo receptoru DEC-205. V rámci kolokalizace DCL-1 s F-aktinem se nabízí předpoklad, že hraje určitou roli v buněčné adhezi a migraci. Další předpokládanou funkcí DCL-1 je receptorem zprostředkovaná endocytóza a následné směrování do lysozomů. V posledních letech byl tento receptor také spojován s rozličnými patologickými stavy. Experimentální část této práce lze rozdělit do tří úrovní. V první fázi proběhla produkce proteinového konstruktu založeného na extracelulární doméně DCL-1 v M9 minimálním médiu, kde byl přítomen jako jediný zdroj dusíku 15 NH4Cl a jediný zdroj uhlíku 13 C glukóza. Tímto byl získán 15 N a 13 C značený protein, který byl použit pro NMR měření. Druhá část práce se zabývá vyhodnocením NMR spekter, která umožnila přiřazení frekvencí atomům peptidové páteře i alifatických postranních řetězců aminokyselin. Na základě informace o chemických posunech jader...

(EN) The DCL-1 receptor (CD302) is predominantly expressed on the surface of dendritic cells and according to its sequence similarity DCL-1 is classified as a C-type lectin. Since its extracellular domain lacks single motives for carbohydrate binding in coordination with calcium ions, it is probable that the process of carbohydrate binding does not occur through the classical pathway as described in the case of mannose receptor or the DEC-205 receptor. Due to its colocalization with F-actin there is a presumption, that DCL-1 plays a role in cell adhesion and migration. Another role of DCL-1 could be the participation in endocytosis and subsequent targeting to lysosomes. DCL-1 was also put in connections with various pathologies in last few years Experiments described in this work can be divided into three sections. In the first part I dealt with production of a protein construct based on the extracellular domain of DCL-1. The protein was produced in M9 minimal medium with the only source of nitrogen 15 NH4Cl and the only source of carbon 13 C glucose. The result was 15 N,13 C labelled protein, used for NMR measurements. The second part is dedicated to the analysis of NMR spectra, which enabled us to assign frequencies of protein backbone and aliphatic side chains atoms. On the base of the backbone...