Analýza a charakterizace sestřihových variant BRCA1

Abstract

Breast cancer gene 1 (BRCA1) kóduje jaderný fosfoprotein, jehož základní funkce spočívá v regulaci odpovědi na poškození genomové DNA. Protein BRCA1 se podílí na vzniku a funkci proteinových superkomplexů, které se účastní reparace dvouřetězcových zlomů. Tyto superkomplexy vznikají na základě protein-proteinových interakcí mezi vysoce konzervativními doménami proteinu BRCA1 a jeho vazebnými partnery. Kromě divoké formy (wt) BRCA1 mRNA obsahující všech 22 exonů kódujících protein o velikosti 220 kD, byla popsána řada alternativních sestřihových variant (ASV) BRCA1 mRNA, které dávají vzniknout proteinovým izoformám postrádajícím významné strukturní domény. Předpokládá se, že vznik ASV BRCA1 mRNA je jednou z možností regulace funkce BRCA1 proteinu. Do současné doby není znám komplexní profil ASV BRCA1 ve fyziologických tkáních či míra a tkáňová specifičnost jejich exprese. Studium těchto aspektů bylo náplní této práce. Na vzorcích celkové RNA jsme optimalizovali postup identifikace ASV BRCA1 včetně celých transkriptů wt BRCA1 s délkou přes 5,5 kb. V následně vyšetřovaných vzorcích RNA izolované z periferní krve pacientek s karcinomem prsu a žen bez nádorového onemocnění jsme vedle wt formy identifikovali celkem 13 ASV BRCA1 mRNA. Většina (9/13) identifikovaných ASV BRCA1 reprezentovala formy se...

The Breast cancer gene 1 (BRCA1) codes for nuclear phosphoprotein with a key function in the regulation of DNA damage response. The BRCA1 protein contributes to the formation and regulation of protein supercomplexes that participates on the DNA double-strand break repair. These protein supercomplexes are formed by the protein-protein interactions between highly conservative protein motives in BRCA1 and its binding partners. Except to the wild type form of BRCA1 mRNA containing entire set of 22 exons coding for the 220 kD protein, numerous alternative splicing variants (ASVs) BRCA1 mRNA has been described. These ASVs code for BRCA1 isoforms lacking several critical functional domains. It has been proposed, that formation of BRCA1's ASVs represent a tool for regulation of BRCA1 function. Only poorly has been characterized a complex catalogue of in various human tissues and their expression. This study aims to address these questions. We optimized the identification of BRCA1's ASVs including those covering the entire transcripts of the wt BRCA1 mRNA with length exceeding 5.5 kb. In further analysis, we characterized 13 BRCA1's ASVs in RNA samples isolated from peripheral blood mononuclear cells (PBMNC) obtained from patients with breast cancer (BC) and control subjects. The majority of the identified...